1944年： 在波兰的集中营内，德国科学家克劳斯·施密特对一位名叫埃里克·兰谢尔的犹太男孩产生了浓厚的兴趣。埃里克展现出了令人震惊的金属控制能力，这让施密特对他进行了多次科学实验。尽管埃里克在实验中失去了母亲，但他瞬间爆发出的能力使他杀死了两名警卫并摧毁了整个房间。

与此同时，在威斯特彻斯特郡，查尔斯·泽维尔，一个拥有心电感应能力的男孩，在他的宅邸中遇到了一个能够变形的小女孩瑞雯·多克伦。查尔斯与她成为了朋友，并邀请她与他一起生活。

1962年： 埃里克开始四处寻找施密特报仇，而查尔斯则成为了一名基因学家，并正在撰写关于人类突变后成为变种人的论文。中情局探员莫伊拉·玛塔格潜入一家名为“地狱火俱乐部”的地方，偷看到了施密特与一名美军上校亨德利在一起。

施密特，现在化名塞巴斯蒂安·肖，带着他的变种人手下白皇后、激流、红魔鬼，威胁亨德利同意在土耳其安置核弹以威胁苏联。当亨德利试图用手榴弹敲诈萧时，萧通过吸收爆炸能量将其炸死。

莫伊拉在阅读查尔斯的论文后，邀请他和瑞雯来到中情局作为顾问。尽管局长拒绝聘请变种人，但一位中情局高官却邀请查尔斯加入一个机密的X部门。查尔斯通过心电感应得知萧的私人游艇的位置。

埃里克找到了萧的位置并摧毁了整艘游艇，但萧却通过潜水艇逃入深海。埃里克在追击中差点溺水，查尔斯及时救了他。埃里克为了寻找萧的资料，跟随查尔斯来到“X部门”大楼，并在那里遇见了一位年轻科学家汉克·麦考伊。查尔斯发现汉克也是变种人，并与瑞雯产生了情感。

冲突升级： 白皇后代替萧与苏联高官会面时，查尔斯和埃里克发起突袭并抓获了白皇后。查尔斯从她脑中得知萧打算发动第三次世界大战，为未来的变种人取缔人类。与此同时，萧带领红魔鬼和激流入侵X总部，说服瑞雯等人为他效劳。

古巴导弹危机： 萧间接促成了古巴导弹危机，然后躲在他的私人潜水艇里观看战果。查尔斯带着其他人回到他的宅邸，开始训练变种人的能力。在战斗中，埃里克将萧的潜水艇从海底举起来，与萧展开正面对决。埃里克让查尔斯控制萧，但坚持要报仇的埃里克亲自戴上头盔，用纳粹硬币刺穿萧的大脑，为母亲报仇。

美俄双方因恐惧变种人而发射核弹，埃里克用能力阻止了核弹，但莫伊拉的子弹不慎打中了查尔斯的脊椎，导致他瘫痪。埃里克呼吁在场的变种人加入他，安琪、激流和红魔鬼跟随他，瑞雯也决定加入他。

结局： 战争随着危机结束而避免，如今坐上轮椅的查尔斯在莫伊拉的提议下，决定将他的宅邸变成变种人的校园，专门培养变种人的作战能力。查尔斯消除了莫伊拉的相关记忆，恢复成普通探员的莫伊拉因为毫无记忆，她的上级们也决定不再继续问她。此时，将自己命名为“万磁王”的埃里克带领队伍攻入总部救出白皇后，人类与变种人之间的斗争也就此拉开序幕，故事结束。

角色介绍：

• 查尔斯·泽维尔（X教授）：拥有心灵感应能力，致力于人类与变种人和谐共存，并创办Xavier资优青少年学院。
• 埃里克·兰谢尔（万磁王）：能够制造磁场，控制金属，并具备飞行能力。曾是X教授的好友，但因变种人生存权益问题而分道扬镳。
• 塞巴斯蒂安·肖：拥有吸收能量的能力，能从对方身上吸取能量，但能量超载也会对其自身造成很大伤害。